Apja Vachott Imre, az Esterházy hercegi uradalom ügyésze, édesanyja Hercsuth Janka volt. Két testvére született: Kornélia, a nővére a költő-filozófus Erdélyi Jánoshoz ment feleségül, Imre öccse (aki nevét Vahotnak írja) íróként, a Pesti Divatlap szerkesztőjeként dolgozott. Vachott Sándor tanulmányait szülőföldje katolikus iskolájában kezdte. Az 1831-ben mindkét szülőt elvesztette, ezt követően az eperjesi líceumban tanult. A később joghallgató Sándort az iskolai Magyar Nyelvmívelő Társulat elnökévé, Imrét a jegyzőjévé választották. Ekkor írta első verseit. Pályáját 1838-ban Nógrádban kezdte jurátusként, néhány költeményét közölte az Athenaeum. Később Pestre költözött, ahol 1841. március 19-én ugyan letette az ügyvédi vizsgát, de szívesebben foglalkozott az irodalommal. 1842. január 22-én a Kisfaludy Társaság, 1843. október 7-én a Magyar Tudományos Akadémia tagjává választották. 1842-ben meghalt nővére, Kornélia. A pozsonyi országgyűlésre már vőlegényként érkező Vachott 1843. július 10-én vette feleségül Csapó Máriát. Még Pozsonyban ismerte meg Petőfi Sándort,akit rögtön pártfogásába vett: az Athenaeum munkatársai között gyűjtőívet köröztetett a szorult helyzetben lévő költő javára. Amikor a Nemzeti Kör Vörösmarty ajánlatára Petőfi első verseskötetének kiadását fontolgatta, Vachott a háromtagú bírálóbizottság tagjaként (Vörösmarty és Szigligeti társaságában) sürgette a döntést. 1845 januárjában, sógornője halála után lakásába fogadta Petőfit. Petőfi rajongásig tisztelte és szerette költőtársát. Kapcsolatuk 1846-tól elhidegült. Szűkös anyagi körülményei miatt Vachott gazdálkodásba fogott, és Tápiósápon kibérelte a Rakovszky-kastélyt és gazdaságát, ahol néhány hónapot töltöttek, majd visszaköltöztek Pestre. 1848-ban Kossuth, akivel szegről-végről rokonok, odavette titkárnak maga mellé. A Vachott család követte a kormányt Debrecenbe. Itt újra találkozott Petőfivel, sőt a költő Vörösmartyékra és Vachottékra bízta feleségét és kisfiát. A szabadságharc veresége után féléves kisfiukkal költöztek a nagyrédei családi birtokra. Nemsokára megszületett a kislányuk is. Letartóztatták, majd 1850-ben elbocsátották. 1852. november 15-én újra letartóztatták, többek közt a távollétében halálra ítélt diák- és költőtárs, Sárosi Gyula bújtatásáért. A szabadságharcosok börtönébe, a pesti Újépületbe hurcolták. Hónapokig tartották magánzárkában, ahol idegei felmondták a szolgálatot. Végül - felesége kérelmére és Eötvös József közbenjárására - a katonai kórházból szabadult. Betegsége, üldözési mániája azonban gyógyíthatatlannak bizonyult és Schwartzer doktor budai tébolydájában ápolták haláláig.