Katolikus nemesi családból származott, apja Perczel Sándor földbirtokos (megh. 1861), anyja Kajdácsy (Kajdachy) Erzsébet (megh. 1836) volt. Szülei és Vörösmarty Mihály irányították gyermekkori tanulmányait. A pesti piaristáknál tanult, ahol elsajátította a latin, német és francia nyelvet. 1827-1830 között hadapródiskolába járt, majd a császári hadseregben kadétként szolgált. 1830-ban a lengyelekhez való átszökés érdekében a császári katonák közt mozgalmat indított, emiatt bebörtönözték, csak Pest és Tolna vármegyék közös fellépése tudta kiszabadítani. A császáriak végül, figyelembe véve nemesi származását és kiskorúságát, a történtek miatt csupán elbocsátották a hadsereg kötelékéből. Ezt követően Tolna vármegye közéletében vállalt szerepet: megyei aljegyzőként, majd simontornyai szolgabíróként ténykedett. 1843-1844-ben országgyűlési követnek választották, az Ellenzéki Párt balszárnyán politizált. 1844-ben házasságot köt a református Sárközy Júliával (megh. 1877), akivel tizenegy gyermeket neveltek fel. 1848-ban Petőfivel együtt a pesti Közbátorsági Bizottmány radikális tagja lett, és mindketten részt vettek az Egyenlőségi Társulat munkájában is. 1848-ban Buda város képviselőjévé választották, április 30. és július 20-a között belügyminiszterként, tanácsosként, majd osztályfőnökként ténykedett. 1848. szeptember 1-jén megalakította a Zrínyi-szabadcsapatot, amelynek döntő szerepe volt az ozorai győzelem kivívásában. Szeptember 16-án honvéd ezredessé, november 1-jén tábornokká léptették elő. December 30-án Mórnál csatát vesztett. 1849-ben a Tisza menti csapatok parancsnokaként hadmozdulataival akadályozta a császáriak hadműveleteit. Márciusban a bácskai IV. hadtest parancsnokaként ténykedett. Csak Bemmel ápolt jó viszonyt, és miután összeveszett Kossuthtal és a tábornoki karral, júliusban leváltották. A vereség után Törökországba emigrált, később családjával Angliában, Jersey szigetén, majd Belgiumban élt. Az emigrációban is gyakran került konfliktusba Kossuthtal. 1867-ben tért haza, ekkor Zalaegerszeg országgyűlési képviselőjévé választották. Deák táborába tartozott és azon dolgozott, hogy az erősen 48-as ellenzéki szellemű honvédegyleteket tekintélyével átvezesse a kiegyezés táborába. Később egy ideig mint képviselő a balközéphez tartozott, majd visszavonult a politikától.