Jakubovics János öccse volt, Aszódon kötött barátságot Petőfi Sándorral. Pozsonyban az evangélikus líceumban tanult, és 1840 januárjában találkozott az akkor baka Petőfivel. 1843 júliusában a költő néhány napra a Pesten tanuló és nevelősködő barátjánál szállt meg és az ő tanácsára vonult Gödöllőre fordítani. Az 1844 februárjában Pestre érkező Petőfi ismét Jakubovics Mihálynál lakott rövid ideig, aki tagja lesz a Pilvaxban gyülekező baráti körnek. 1844-1845-ben a jénai egyetem hallgatója volt. 1848-ban két hónapig Szarvason tanárként dolgozott. A szabadságharcban tüzérszázadosként vett részt. A szabadságharc veresége után, 1851-ben elítélték. A fogságból 1853-ban szabadult, de további két évre felfüggesztették az állásából. 1855. szeptember 27-től amnesztiát kapott, október 24-től Maglódon evangélikus lelkészi hivatást vállalt.