Apja idősebb Könyves Tóth Mihály (megh. 1840) könyvkötő, árvainspektor, anyja Tyukodi Mária volt. Tanulmányait a debreceni kollégiumban végezte, majd egy évre Kassára ment német nyelvet tanítani. Féléves külföldi tanulmányútját követően, 1836 májusától Debrecenben szolgált segéd-, majd rendes lelkészként. 1836-ban vette feleségül Medgyessy Esztert (megh. 1846), akivel négy közös gyermekük született, és együtt nevelték Eszter előző házasságából született lányát, Király Jankát is. Petőfivel 1846 novemberében ismerkedett meg. November 18-án elutasította Petőfi Prielle Kornéliával való esketési kérelmét. A következő évben Petőfi már megköszönte a lelkésznek, hogy nem engedte meg a házasságot. A szabadságharc idején Kossuth elkötelezett híve volt. Kiváló szónok, állandó jelzői közé tartoztak a „Kossuth papja”, „aranyszájú pap” „debreceni Kapisztrán”. 1848 decemberében ő kérte a kormányt, hogy a honvédzászlóaljakhoz tábori lelkészeket nevezzenek ki, mert „seregeinkből szifilisz és részegség következtében több hal meg, mint az ütközetben”. 1849. augusztus 7-én lakásán elfogták. Előbb halálra, majd húszévi várfogságra ítélték. 1856. április 6-án amnesztiával szabadult, de eltiltották a lelkészi és tanári állásától. Egyházi számvevőként, a püspöki iroda vezetőjeként dolgozott. 1863-tól Karcagon szolgált lelkészként, és még ebben az évben heves-nagykunsági esperessé választották. 1871 júliusában visszament Debrecenbe lelkésznek. Többször volt konventi tag és rövid ideig egyházkerületi tanácsbíró. 1886-ban ülték meg 50 éves lelkészi jubileumát.