Paraszti családból származott. A gimnáziumot Esztergomban, a bölcseletet Győrben és Egerben végezte. Nyitrán és Szentgyörgyön teológiát hallgatott. 1824-ben a belépett a piarista rendbe. 1827-től Kalocsán, majd Szegeden tanított. Az 1834-35-ös tanévben Pestre került, Petőfi tanítója volt. Inkább tudósként, mint nevelő tanárként ténykedett, 1840-ben az Akadémia levelező tagjává választották. 1836-tól a bécsi Theresianumban oktatott. 1841-től Pesten, Tatán, Szegeden tanított. 1859-ben a pesti piarista rendház főnöke volt, amikor a pesti V. kerületi állami gimnázium igazgatójává nevezték ki. Mivel azonban az új tanügyi szabályzat értelmében az igazgatói teendők végzése mellett még tanítania is kellett, rövid idő alatt lemondott. Mint házfőnök nem nagy hasznára volt a pesti háznak. Azokat a telkeket, melyeket a kollégium egy századon át meg tudott őrizni, majdnem mind elkótyavetyélte, amivel jelentékeny kárt okozott a háznak. Házfőnöksége alatt, melyet 1870-ig viselt, a gyár utcai telket potom áron (négyszögölét tíz forintjával), 1869-ben a kőbányai óhegyi szőlőt, présházat, pincéket 16 000 forintért eladta a Dréher-féle sörháznak. 1870-től 1873-ig Szentgyörgyön és Korponán visszavonultan élt.

Apja Bonyhay Sándor református lelkész, anyja Kádár Julianna volt. Az elemi osztályokat szülőhelyén és Nagyszalontán végzi. Gimnáziumi és a jogi tanulmányokat a debreceni református kollégiumban folytatott, 1824-től Lőcsén a németül tanult. 1827 és 1845 között Mezőkövesd község jegyzőjeként dolgozott. A falu bírája című műve részben önéletrajzi ihletésű: művével országgyűlési díjat nyert. Petőfivel 1842 őszén Mezőberényben találkozott. Bonyhay arra biztatja Petőfit és Orlai Petrics Soma festőt, hogy kisebb kötetet adjanak ki. 1846-ban a békés-bánáti református egyházmegyében előbb a gyomaendrődi, majd a gyulai kerületben volt iskolai felügyelő, 1848. május 9-től megyei árvaügyi számvevő, 1849 tavaszán árvaügyi főszámvevőnek választották meg. A Petőfi család július 12-én érkezett Mezőberénybe Orlaiékhoz; a költő gyakran bejárt Gyulára Bonyhayval. Orlai Petrics Bonyhay karosszékében festette le Petőfit. A költő Bonyhaytól kérte kölcsön kárpitozott szekerét, felesége és gyermeke kényelme érdekében. A szabadságharc veresége után Mezőberénybe vonult vissza, és a békés-bánáti református egyházmegye tanácsbírájaként részt vett a patens elleni küzdelemben. Kuczián Katalint (megh. 1883) vette feleségül, akitől két gyermeke született: Julianna és Veronika.

.Apja, leveldi Kozma Ferenc Somogy vármegyei földbirtokos, kaposvári ügyvéd, anyja nemes Dienes Antónia volt. Középiskolai tanulmányait Sopronban, Pécsen és Pápán végezte, ahol Petőfi Sándor, Jókai Mór és Kerkapoly Károly iskolatársa volt. Pozsonyban jogot tanult. Az ügyvédi oklevelet 1847-ben kapta meg. 1848. március 13-án Pozsonyban ő hirdette ki a bécsi forradalom vívmányait. Az 1848-as országgyűlésen Szegedy, később a másik Somogy megyei követ, a radikális Madarász László oldalán volt országgyűlési segéd. A szabadságharcban tevékenyen részt vett, a délvidéki hadjáratban is harcolt . A szabadságharc bukása után besorozták az osztrák hadseregbe, onnan azonban csakhamar elbocsátották. Az ötvenes években internálták, rendőri felügyelet alatt Somogy vármegyében folytatott ügyvédi gyakorlatot. Az 1861-es országgyűlésen képviselőként jelentős szerepet vállalt, a Deák-párt híve volt. 1869 szeptemberétől az átszervezett Kúriára került és a legfőbb ítélőszéki osztály bírája lett. 1872-től, a királyi ügyészségi rendszer felállítása után budapesti királyi főügyész lett, megszervezte az új hivatalt és országos hatáskörrel vezette sz ügyészséget. Feladata volt a fegyintézetek felügyelete és ellenőrzése, ezért a „börtönök atyja”-ként is emlegetik. 1880-1893-ig a Tarnai János által szerkesztett Magyar Igazságügy című folyóirat főmunkatársa volt. Számos cikket jelentetett meg napilapokban, folyóiratokban, szépirodalmi lapokban Bukógáti álnéven. 1896-ban nyugalomba vonult. Ferenc József érdemei elismeréséül a Lipót-rend középkeresztjével tüntette ki. Síremlékére gyűjtést rendeztek, melynek során 10 766 forint 85 krajcár érkezett be, felét a síremlékre, a másik felét pedig az elhagyott gyermekek segélyezésére fordították.

Apja Horváth Mátyás hévízgyörki tanító volt. Aszódon egy osztállyal feljebb járt Petőfinél. Az ő latinfüzetének szélére írta Petőfi első „költeményét” alliteráló, daktilikus sorát: „Kis Kari kerget kurta kutyát kinn”. 1837-ben Selmecre távozott, ahol a következő évben ismét Petőfi diáktársa volt. Pozsonyban tanult tovább, de 1842 tavaszán már iskolamesteri állást vállalt. Felsőszelibe került, ahol nagybátyja fogadós volt. Két év múlva találkozott ismét Petőfivel, amikor a nyári szünidőt otthon, Hévízgyörkön töltötte. Később Albertin, Mezőberényben, végül Szarvason tanított, Korén professzor és iskolatársa, Dlhányi társaságában. A Szarvason tanuló Petőfi Zoltán szállásadója volt.